Il santuario di San Giuseppe presenta una struttura architettonica semplice a croce greca con due cappelle poste lungo le pareti laterali.
L’edificio subì un ampliamento del XIX secolo a causa del grosso afflusso di pellegrini che vi si recavano ogni anno a Copertino: vennero infatti sommati alla preesistente struttura, un abside ed un coro,venne poi realizzato un altare in pietra leccese.
Di lato all’ingresso principale del santuario si può visitare la famosa “stalletta” (come tradizione cita, dove nacque il santo) e nella parete opposta c’è la cappella con l’esposizione delle reliquie.