Nel 1562 le autorità disposero la costruzione di una chiesa, portata a termine nel 1566, la quale inglobò il primitivo pilone. Tuttavia, poiché l’antico dipinto versava ormai in pessime condizioni, si fece scolpire una statua delle stesse dimensioni dell’affresco.
Nel 1624 la chiesa fu affidata ai cappuccini, che vi affiancarono un convento. Durante la guerra del 1639-40 gli edifici andarono in rovina, tanto che nel 1643 si decise di ricostruire il santuario, scegliendo però un sito più salubre. Si portarono appresso la statua lignea della Madonna di Loreto, considerata miracolosa; tale simulacro si venera tuttora sull’altare maggiore del santuario.
L’attuale edificio è la riedificazione del 1897, su progetto dell’ingegner Mottura.
All’interno, da notare la volta con l’affresco di Luigi Morgari raffigurante il miracoloso trasporto della Santa Casa da Nazareth a Loreto.