Non è dato sapere chi sia quel “maestro Buono” che, secondo il Vasari, avrebbe diretto i lavori di rinnovamento dell’edificio. Sopravvive, della struttura romanica, la torre campanaria, sia pure mozzata, dove è murata una testa muliebre di epoca tardoromana, la cosiddetta “Berta”. Sono molte le leggende che tentano di dare una spiegazione alla misteriosa scultura: si racconta, per esempio, che sia la testa pietrificata di una donna che, avendo canzonato un condannato al suo passaggio, sarebbe stata colpita dalla maledizione di questi.
Fra i vari affreschi trecenteschi che un tempo la ornavano, rimangono quelli che rappresentano le Storie di Erode e la strage degli Innocenti, nella cappella maggiore, attribuiti a Jacopo di Cione e a Mariotto di Nardo.
Nel Settecento l’aula venne dotata di altri altari, pale, stucchi e affreschi. Fu anche costruito l’altare marmoreo nella cappella di sinistra del transetto che conserva come una preziosa reliquia il bassorilievo ligneo policromo e dorato del XIII secolo, raffigurante la Madonna col Bambino, riferito a Coppo da Marcovaldo.