La Chiesa, eretta nel secolo VI, quindi di epoca longobarda, fu consacrata a San Michele Arcangelo molto più tardi dal cardinale Vincenzo Maria Orsini, futuro papa.
Per tali ragioni storiche ed ambientali, l’Eremo costituisce un tratto fondamentale dell’identità culturale di Foglianise e della sua gente ed inoltre è uno dei poli attrattori turistici più rilevanti del Sannio.
L’eremo, al pari del monastero, fu edificato su grotte carsiche con presenza d’acqua; in particolare, nella grotta superiore fu costruita la chiesa con l’altare dedicato a San Michele, mentre nella grotta inferiore, furono costruite le celle per gli eremiti.