Il tabernacolo è racchiuso tra colonne a tortiglione e ai lati del pallio due volti d’angelo. Del Bruschetto le opere sulla volta e i tre affreschi sulla vita di San Giovanni.
Tra le dodici Cappelle la più ricca è quella dell’Immacolata con una statua della Madonna del 1681. La Cappella di Sant’Antonio è l’unica senza colonne: in quella di Sant’Andrea spicca il quadro che ne raffigura la morte; in quella di San Giuseppe è curiosa la tela con il dettaglio di angioletti che giocano con i ferri da falegname.
La Basilica è presente inoltre un crocifisso attribuito al Maragliano.