Le sue spoglie riposano nella cripta della cattedrale, costruita tra il 1045 e il 1069 alla quale si accede dalle scale della navata sinistra, trasformata nella parte centrale da Giuseppe Giosafatti nel 1704.
Essa è divisa in sette navatelle sostenute da 63 colonne di travertino. All’interno dell’edificio, il patrono è raffigurato ovunque.
Il gruppo marmoreo raffigura S. Emidio che battezza la vergine Polisia. La sua collocazione richiese la sopraelevazione del transetto e della pavimentazione delle tre navate della chiesa.
Le pareti della cripta sono ornate da mosaici realizzati dallo Studio del Mosaico del Vaticano.