La tradizione vuole che durante i lavori di costruzione, S. Francesco abbia tramutato l’acqua, contenuta in un pozzo (ancora visibile), in vino. Il 6 dicembre 1802 nella chiesa di Pontelatrave, vi sostò la Madonna di Loreto di ritorno da Parigi dopo il furto napoleonico.
La chiesa attuale, degli ultimi decenni del ‘300, è a navata unica con tetto a capriate lignee, con sei altari ai lati. L’abside è totalmente affrescata con dipinti attribuiti a Cola di Pietro.
Lo stesso S.Francesco fece dono alla chiesa di un Crocifisso di S. Damiano di Assisi che è testimonianza di viva devozione presso la popolazione di Pontelatrave.