In questo periodo il Santuario e l’area funeraria annessa erano in funzione. Basti ricordare che alla meta del VII secolo il santuario di S. Alessandro, si trovava inserito insieme a pochissimi altri nel territorio circostante Roma nel circuito di visita dei pellegrini che giungevano nella città per pregare sulle tombe dei martiri.
La basilica di S. Alessandro conservò il suo ruolo di importante centro di pellegrinaggio fino alle sue ultime fasi di vita probabilmente anche dopo la traslazione dei corpi dei nostri martiri, agli inizi del secolo IX ad opera di Pasquale nell’Oratorio di S.Agnese, presso la chiesa romana di santa Prassede.