All’ Altar maggiore il dipinto “La Concezione”, quadro di Gioacchino Bombelli dall’originale del Lanfranco, distrutto da un incendio. In terra davanti all’altar maggiore vi è la pietra tombale del cardinal Barberini con questa iscrizione: Hic jacet pulvis et cinis et nihil (Qui giace polvere, cenere e niente).
Sopra la porta d’ingresso “La navicella di S. Pietro”, copia su tela del mosaico giottesco di S. Pietro in Vaticano fatta da Francesco Baretta per ordine di Urbano VIII.
Questa copia ci mostra il disegno originale, come era prima del rifacimento, che lo ha snaturato. Nella sacrestia il Ritratto di Frate Elia, tavola del secolo xiv. Il sotterraneo è formato dall’antico cimitero dei cappuccini, diviso in tre cappelle, le cui pareti sono decorate con le ossa di 4000 frati, le quali formano un disegno di stile rococò.
Ogni sepolcro è riempito con la terra recata da Gerusalemme. Queste catacombe sono illuminate nella ricorrenza della festa dei morti.