Dalla navata destra si accede agli ambienti sotterranei di una casa romana, datati tra il I e il II secolo d.C.In questi ambienti si conserva anche un mitreo, tra i più importanti di Roma, meno noto ma forse più significativo di quello di S. Clemente, poiché conserva una serie di pitture ed arredi che illustrano molto bene i diversi aspetti del culto mitraico.
Anticamente era dedicata a S. Aquila, ma nel secolo III il papa Eutichiano avendo ritrovato il corpo di Santa Prisca lo fece trasportare in quella chiesa che fu allora detta di S. Aquila e Prisca.
Nel 772 fu restaurato da Adriano I, nel 1455 da Calisto III, nel 1600 dal cardinale Giustiniani che vi aggiunse la facciata e finalmente nel 1735 da Clemente XII il quale la ridusse alla forma odierna. La facciata è di Carlo Lombardo.