Fu per qualche tempo commenda cardinalizia, ma nel 1395, il cardinale Porcello Orsini, ultimo commendatore, la cedette al capitolo Vaticano.
Nel 1665 fu restaurata da Alessandro VII e nel 1787 dal capitolo Vaticano che la ridusse allo stato attuale. È aperta una sola volta l’anno, nel giorno festivo di S. Tommaso (21 dicembre).
Il portale e il mosaico rappresentante Gesù assiso fra uno schiavo bianco e uno schiavo nero, con la croce rossa e turchina dei Trinitarii è opera di Giacomo e Cosma, marmorari. Essi furono i figli di Lorenzo, fondatore della famiglia dei Cosmati, ed eseguirono questo lavoro circa nell’anno 1218, epoca in cui venne approvato l’ordine dei Trinitari.
All’interno sono presenti tre altari. Su quello di mezzo, quadro anonimo del secolo xvii.