Un tempo vi era un mosaico con il Salvatore fra 12 Apostoli che andò distrutto nel XVI secolo quando la chiesa fu rinnovata. Si conserva un disegno a colori, nella biblioteca Vaticana, eseguito da Francesco Penna.
Dal 1311 fu parrocchia e nel 1398 fu ridotta in collegiata che vi rimase fino al 1567 quando Pio V la cedette ai Padri Umiliati trasferendo la parrocchia a S.Salvatore. Successivamente Gregorio XIII la cedette ai Padri Olivetani che la ritennero fino al 1809.
La chiesa era preceduta da un atrio quadrato cinto da portico su pilastri, progettato dall’arch. Francesco Ferrari.
L’interno a tre navate divise da colonne. I dipinti sulle pareti di Giacomo Rocca, allievo di Daniele da Volterra, raffiguranti il martirio di Sant’Agata, andarono distrutti durante i restauri fatti sotto Urbano VIII.