Il 14 maggio del 1606, festa di Pentecoste, vi prese dimora con i suoi confratelli ed il cardinale Ottavio Acquaviva, arcivescovo di Napoli, concesse la benedizione della chiesa. L’affluenza dei fedeli che accorreva a venerare la Vergine dei Monti era in continuo crescendo, ed il Comune di Napoli nel 1621 fece costruire una strada a rampe, di basalto.
Nel 1656 una grave pestilenza colpì la città di Napoli decimando la sua popolazione. Anche i Pii Operai prodighi nel soccorso, perirono quasi tutti. Restarono solo cinque superstiti ed inoltre un tremendo terremoto danneggiò casa e chiesa nel 1688.
Il quadro di Maria Regina degli Apostoli è opera del pittore Girolamo D’Arena. Esso rappresenta l’immagine della Madonna che siede su tre Monti, il Bambino che tiene in mano il mondo, e gli Apostoli Pietro e Paolo sui due lati. Il pittore, secondo le cronache, dipinse l’immagine della Madonna solo nei giorni di sabato, in ginocchio dopo essersi comunicato.