Si narra ancora che in questo luogo avesse casa Lucina, matrona romana, la quale nel 305 la donò a Marcello papa per edificarvi una chiesa. Nel 775 Adriano I la restaurò dalle fondamenta. Nel 1370 Gregorio XI la cedette ai Serviti.
Nel 1597 fu riedificata dal Sansovino che voltò la facciata verso il corso, aprendo la porta attuale e riducendo ad abside l’antico ingresso.
Nei primi anni del secolo XVIII, Carlo Fontana disegnò la facciata che fu adorna di sei statue di Francesco Cavallini e da un bassorilievo in stucco, rappresentante “S. Filippo Benizi” di Antonio Raggi. Gli affreschi della volta e delle pareti furono cominciati da Pierin del Vaga e terminati, dopo la sua morte, da Daniele da Volterra e Pellegrino da Modena. Sull’altare: una tavola che copre il Crocefisso, dipinta ad angeli su fondo d’oro da Luigi Garzi.
La volta è dipinta da Antonio Bicchierari e le pareti laterali da Domenico Corvi. Le storie sulle pareti laterali della nave centrale e la “Crocefissione” sopra la porta d’ingresso, sono di Luigi Garzi.